Brak niklu powoduje zahamowanie wzrostu i obniżenie poziomu hemoglobiny we krwi. Ponadto zachodzą zmiany w naskórku (np. nieprawidłowe rogowacenie, dermatozy) i zaburzenie pigmentacji. Przy niedoborze niklu może nastąpić nagromadzenie się tłuszczów w wątrobie i upośledzenie jej funkcji.

Stężenie tego pierwiastka we krwi wynosi 82 ą 22 nmol/l. W ustroju człowieka około 18 % jego zawartości umiejscowione jest w skórze. Poza tym stosunkowo wysokie stężenie niklu stwierdzono w szpiku kostnym, węzłach chłonnych, jądrach, a także w pocie, za pośrednictwem którego odbywa się wydalanie tego mikroelementu. Rola niklu w organizmie nie jest jeszcze dobrze wyjaśniona. Przypisuje mu się udział w transporcie tlenu do tkanek, w syntezie białek enzymatycznych, w przemianach węglowodanów, tłuszczy i białek, tworzeniu hormonów. Bogatym źródłem niklu są:czekolada, pełne ziarno zbóż, ryby nasiona roślin strączkowych. Niedobór niklu może być powodowany błędami dietetycznymi oraz stresami.

Następstwem niedoboru niklu mogą być: nadmierna potliwość, zaburzenia procesów trawienia, niedokrwistość, stłuszczenie wątroby, zaburzenie funkcji nerek.

Nadmiar niklu w organizmie może być spowodowany wdychaniem dymów i zanieczyszczeń atmosferycznych. Stanowi w tej formie szczególnie zagrożone dla zwierząt i ludzi, ponieważ w tej formie metal ten łatwo podlega bikumulacji. Nikiel w zbyt dużym stężeniu uszkadza błony śluzowe, powoduje odczyny alergiczne, zmiany w chromosomach, w szpiku kostnym, może przyczyniać się do rozwoju komórek nowotworowych.

Nadmiar niklu wpływa też niekorzystnie na proporcje innych pierwiastków. Przede wszystkim obniża poziom magnezu oraz cynku w organach miąższowych.

Najbardziej toksyczny jest nikiel pod postacią karbonylku niklu [ Ni (CO4)], który bardzo łatwo się wchłania przez skórę, z pęcherzyków płucnych. Przypuszcza się, że szkodliwe działanie Helikobacter pyloti na błony śluzowe żołądka polega między innymi na łączeniu się wydzielanej ureazy z niklem i powstawaniu substancji o właściwościach drażniących.